Handelsføderasjonen var en handelsorganisasjon med monopol på intergalaktisk handel, og ble stiftet i år 350 f.s.Y. Den var lite populær, av flere årsaker, blant annet fordi den hadde full representasjon i senatet. Den kunne holde fast på monopolet blant annet ved å ikke dele sine særdeles gode kart over hyperromruter. Føderasjonen brukte i stor grad droider som arbeidskraft, fordi det var kostnadseffektivt.
Noe før Naboo-blokaden kom neimoidieren Nute Gunray til makten i føderasjonen. Da det ble vedtatt toll på handelsruter i de ytre territoriene, brukte Gunray føderasjonens væpnede droidestyrker til å blokkere planeten Naboo i protest, og senere invaderte han den. Dette var imidlertid uvant aggressivt av føderasjonen, men ingen visste at det egentlig var sithfyrsten Darth Sidious som sto bak hele operasjonen.
Etter invasjonen måtte Gunray prøve å presse dronning Amidala av Naboo til å undertegne en traktat som ville lovliggjøre invasjonen. Imidlertid greide hun å flykte ved hjelp av jediene Qui-Gon Jinn og Obi-Wan Kenobi. Senere kom dronningen tilbake til Naboo, slo seg sammen med gungerne, og fanget Gunray personlig - invasjonen var over.
Både Nute Gunray og føderasjonen greide imidlertid, skandaløst nok, å holde fast ved sine posisjoner, til tross for flere rettssaker. Gunray søkte hevn over Amidala, nå senator, og ti år etter Naboo-blokaden tilbød han grev Dooku å bli medlem av hans separatistbevegelse, mot Amidalas hode.
Dooku gav oppdraget til galaksens beste dusørjeger, Jango Fett, men Fett klarte ikke å utføre oppdraget. Snarere fikk han jediridderen Obi-Wan Kenobi til å oppdage separatistenes ulumske planer på Geonosis, som jedien fikk has på gjennom å overlytte et stort separatistmøte, møtet føderasjonen for øvrig offisielt gikk inn i separatistbevegelsen. Før han ble fanget rakk han å rapportere tilbake til Coruscant.
Dette førte til at Republikken angrep Geonosis med sin nye klonehær. Dette kom svært overraskende på separatistene, så overraskende at man tapte åpningslaget av Klonekrigen, slaget på Geonosis.
Tre år senere nærmet Klonekrigen seg slutten, og separatistene så ut til å tape. Separatistrådet ble flyttet til Mustafar, hvor medlemmene, som Nute Gunray, skulle være trygge. Der ventet de på Darth Sidious' nye elev, Darth Vader. Vader hadde fått beskjed om å ende krigen ved å drepe hele rådet, noe som ble gjort. Siden beordret Sidious separatistenes droider å skru seg av. Handelsføderasjonen var med Nute Gunrays død ferdig, og dens ressurser gikk med til å bygge opp Palpatines nye imperium.